आणविक मॉडलिंग में अणुओं को मॉडल करने या उनकी नकल करने के लिए उपयोग की जाने वाली सभी रणनीतियाँ, काल्पनिक और कम्प्यूटेशनल शामिल हैं। तकनीकों का उपयोग कम्प्यूटेशनल विज्ञान, औषधि डिजाइन, कम्प्यूटेशनल रसायन विज्ञान और सामग्री विज्ञान के क्षेत्रों में छोटे मिश्रण ढांचे से लेकर विशाल प्राकृतिक कणों और सामग्री समूहों तक चलने वाले उप-परमाणु ढांचे के बारे में सोचने के लिए किया जाता है। उप-परमाणु प्रदर्शन रणनीतियों का नियमित तत्व उप-परमाणु ढांचे का परमाणु स्तर का चित्रण है। बीमारियों से निपटने के लिए नई शक्तिशाली दवा तैयार करने में आणविक मॉडलिंग का महत्वपूर्ण उपयोग होता है।