पादप जीनोम अन्य यूकेरियोटिक जीनोम की तुलना में अधिक जटिल होते हैं, और विश्लेषण से समय के साथ डीएनए अनुक्रमों के कई विकासवादी उतार-चढ़ाव का पता चलता है। पौधों में व्यापक रूप से भिन्न गुणसूत्र संख्याएँ और विभिन्न प्लोइडी स्तर दिखाई देते हैं। कुल मिलाकर, पौधे जीनोम का माप (गुणसूत्रों की मात्रा और पूर्ण न्यूक्लियोटाइड बेस-जोड़े दोनों) जैविक दुनिया में किसी भी राष्ट्रमंडल की सबसे बड़ी भिन्नता प्रदर्शित करता है। उदाहरण के लिए, ट्यूलिप में बेबी एजर अरेबिडोप्सिस थालियाना की तुलना में 170 गुना अधिक डीएनए होता है। जानवरों की तरह, पौधों के डीएनए में भी संरचना दोहराव, संरचना व्युत्क्रम, या ट्रांसपोज़ेबल पहलू सम्मिलन के क्षेत्र शामिल हो सकते हैं, जो उनकी आनुवंशिक सामग्री को और अधिक अनुकूलित करते हैं। परंपरागत रूप से, गुणसूत्र व्युत्क्रम और प्लोइडी में अंतर का उपयोग यह जानने के लिए किया जाता है कि पौधों की नस्ल कैसे विकसित हुई है।
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