मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा प्रोटीन फोल्डिंग प्रोटीन की संरचना और कार्य की कुंजी है। मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा प्रोटीन फोल्डिंग एक शक्तिशाली बायोफिजिकल विधि के रूप में सबसे आगे आई है, जो प्रोटीन की संरचना और गतिशीलता दोनों पर प्रकाश डाल सकती है। लिगैंड बाइंडिंग प्रोटीन की गठनात्मक स्थिति को बदल सकती है, और प्रोटीन के अमीनो एसिड अनुक्रम में परिवर्तन संरचना और गतिविधि दोनों को बदल सकता है, जो रोग की स्थिति का कारण बन सकता है। चार्ज राज्य वितरण के अलावा, हम पेप्टाइड बैकबोन के एमाइड समूहों पर ड्यूटेरियम का आदान-प्रदान करके एमएस द्वारा प्रोटीन फोल्डिंग और गतिशीलता का भी अध्ययन कर सकते हैं। ड्यूटेरियम के लिए एमाइड प्रोटॉन का आदान-प्रदान मिलीसेकंड टाइमस्केल पर होता है। एक्सचेंज बंद होने की दर से बहुत तेज है।
मास स्पेक्ट्रोमेट्री द्वारा प्रोटीन फोल्डिंग के संबंधित जर्नल,
जर्नल ऑफ प्रोटिओमिक्स एंड बायोइनफॉरमैटिक्स, जर्नल ऑफ एनालिटिकल एंड बायोएनालिटिकल टेक्निक्स, जर्नल ऑफ क्रोमैटोग्राफी एंड सेपरेशन टेक्निक्स, जर्नल ऑफ क्रोमैटोग्राफिक साइंस, क्रोमैटोग्राफी रिसर्च इंटरनेशनल और जर्नल ऑफ लिक्विड क्रोमैटोग्राफी और यूरोपियन जर्नल ऑफ मास स्पेक्ट्रोमेट्री