कई प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन की मध्यस्थता पेप्टाइड पहचान मॉड्यूल, कॉम्पैक्ट डोमेन द्वारा की जाती है जो छोटे पेप्टाइड्स से जुड़ते हैं और जैविक प्रक्रियाओं की एक विस्तृत श्रृंखला में महत्वपूर्ण भूमिका निभाते हैं। हाल के प्रायोगिक प्रोटीन इंटरैक्शन डेटा हमें यह जांचने का अवसर प्रदान करते हैं कि क्या हम कम्प्यूटेशनल अनुक्रम विश्लेषण द्वारा उनकी इंटरैक्शन की व्याख्या कर सकते हैं या भविष्यवाणी भी कर सकते हैं।
प्रोटीन-पेप्टाइड इंटरैक्शन के डिज़ाइन में व्यावहारिक अनुप्रयोगों की एक विस्तृत श्रृंखला है और आणविक मान्यता के आधार पर अंतर्दृष्टि भी प्रकट होती है।
पेप्टाइड के बाइंडिंग साझेदारों की पहचान करने की सबसे सरल विधि इसे एफ़िनिटी पुल-डाउन प्रयोग में चारा के रूप में उपयोग करना है, और फिर सीधे इसके बाइंडिंग प्रोटीन का पता लगाना है। पुल-डाउन परीक्षण उन प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन की पुष्टि करने के लिए उपयोगी होते हैं जिनकी भविष्यवाणी अन्य तकनीकों (उदाहरण के लिए, सह-इम्यूनोप्रेजर्वेशन) का उपयोग करके की गई थी और नए प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन की पहचान करने के लिए प्रारंभिक स्क्रीनिंग टूल के रूप में भी की जाती है। सिंथेटिक पेप्टाइड्स का उपयोग आमतौर पर प्रतिस्पर्धात्मक रूप से बंधन को बाधित करके संदिग्ध प्रोटीन-प्रोटीन इंटरैक्शन को सत्यापित करने के लिए किया जाता है। बायोटिनाइलेटेड पेप्टाइड्स, जिनमें एक विशिष्ट कार्यात्मक डोमेन होता है, और उनके संबंधित नियंत्रण देशी पेप्टाइड्स एविडिन-संयुग्मित रेजिन में स्थिर होते हैं। नमूनों को रेजिन के साथ ऊष्मायन किया जाता है। फिर किसी भी अनबाउंड प्रोटीन को हटाने के लिए रेजिन को धो लें। बंधे हुए प्रोटीनों को एसडीएस-पेज का उपयोग करके स्पष्ट और विश्लेषण किया जाता है।
प्रोटीन पेप्टाइड इंटरैक्शन के संबंधित जर्नल
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