जीवों, उनके शरीर के तरल पदार्थ या अर्क से प्रोटीन का लक्षण वर्णन प्रोटीन प्रोफाइलिंग का मुख्य उद्देश्य है। इस प्रकार एक प्रोटिओम की प्रोफाइलिंग लक्षित प्रोटीन के मात्रात्मक परिवर्तनों और संशोधन के अध्ययन के लिए एक आधार के रूप में कार्य करती है। ट्रांसक्रिपटॉमिक्स के संयोजन के साथ-साथ प्रोफाइलिंग द्वारा सिस्टम में होने वाले गतिशील परिवर्तनों का अध्ययन किया जा सकता है।
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