जीन क्लोनिंग वह प्रक्रिया है जिसमें किसी जीव से निकाले गए डीएनए से रुचि के जीन का पता लगाया जाता है और उसकी नकल (क्लोन) की जाती है? जब किसी जीव से डीएनए निकाला जाता है, तो उसके सभी जीन एक ही समय में निकाले जाते हैं। यह डीएनए, जिसमें हजारों अलग-अलग जीन होते हैं।
किसी जीव के डीएनए निष्कर्षण के बाद का चरण डीएनए को व्यवस्थित करने के लिए एक पुस्तकालय का निर्माण करना है। एक जीन लाइब्रेरी को जीवित बैक्टीरिया कालोनियों के संग्रह के रूप में परिभाषित किया जा सकता है जो कि जीव के डीएनए के विभिन्न टुकड़ों के साथ परिवर्तित हो गए हैं जो कि रुचि के जीन का स्रोत है। यदि किसी पुस्तकालय में प्रत्येक जीन के लिए बैक्टीरिया की एक कॉलोनी होनी है, तो इसमें हजारों कॉलोनियां या क्लोन शामिल होंगे।
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