हिस्टोपैथोलॉजी (या हिस्टोलॉजी) में आवर्धक लेंस के तहत परीक्षण किए गए संपूर्ण ऊतकों की जांच शामिल है। पैथोलॉजी अनुसंधान सुविधा द्वारा तीन मूलभूत प्रकार के उदाहरण प्राप्त होते हैं। बड़े उदाहरणों में संपूर्ण अंग या उसके हिस्से शामिल होते हैं, जिन्हें सर्जिकल ऑपरेशन के दौरान निकाल दिया जाता है। चित्रों में हिस्टेरेक्टॉमी के बाद गर्भाशय, कोलेक्टॉमी के बाद अंदर का विशाल हिस्सा या टॉन्सिलेक्टॉमी के बाद टॉन्सिल शामिल हैं।
पूरे अंगों के बजाय ऊतक के टुकड़ों को बायोप्सी के रूप में निकाला जाता है, जिसके लिए आमतौर पर छोटी सर्जरी की आवश्यकता होती है जो तब की जा सकती है जब रोगी अभी भी होश में है लेकिन शांत है। बायोप्सी में निष्कर्षण बायोप्सी शामिल होती है, जिसमें ऊतक को एक सर्जिकल ब्लेड (उदाहरण के लिए एक संदिग्ध तिल के लिए त्वचा का निष्कर्षण) या एक केंद्र बायोप्सी के साथ निकाला जाता है, जिसमें एक सुई को एक संदिग्ध द्रव्यमान में डाला जाता है ताकि क्रॉल या ऊतक के केंद्र को बाहर निकाला जा सके। आवर्धक उपकरण के तहत विश्लेषण किया गया (उदाहरण के लिए बोसोम बम्प पर शोध करने के लिए)।
तरल और ऊतक के छोटे टुकड़े (कोशिकाओं के समूह के बजाय एकवचन कोशिकाएं, उदाहरण के लिए फेफड़े के चारों ओर से तरल के अंदर) को एक महीन सुई की लालसा (एफएनए) के माध्यम से प्राप्त किया जा सकता है। यह केंद्र बायोप्सी के हिस्से के रूप में उपयोग की जाने वाली सुई की तुलना में अधिक पतली सुई का उपयोग करके किया जाता है, फिर भी एक तुलनात्मक रणनीति के साथ। इस प्रकार की सामग्री आम तौर पर ठोस के बजाय तरल होती है, और ऊतक विज्ञान के बजाय कोशिका विज्ञान के लिए प्रस्तुत की जाती है (साइटोपैथोलॉजी देखें)।