प्रोटीन इंजीनियरिंग रणनीतियों का उद्देश्य बेहतर गतिविधियों, विशिष्टताओं और स्थिरता के साथ एंजाइमों का निर्माण करना है, जो सिलिको विधियों से बहुत लाभान्वित होते हैं। कम्प्यूटेशनल विधियों को मुख्य रूप से तीन मुख्य श्रेणियों में बांटा जा सकता है। वे हैं जैव सूचना विज्ञान, आणविक मॉडलिंग और डी नोवो डिज़ाइन। कम्प्यूटेशनल एंजाइम डिज़ाइन अनुसंधान का एक बहुत ही आशाजनक क्षेत्र है। वर्तमान कम्प्यूटेशनल डिज़ाइन उपकरण एक गंभीर सीमा से ग्रस्त हैं।
नई या बेहतर गतिविधियों, विशिष्टताओं और स्थिरता के साथ एंजाइमों का निर्माण करने के उद्देश्य से प्रोटीन इंजीनियरिंग रणनीतियों को सिलिको विधियों से बहुत लाभ होता है। कम्प्यूटेशनल तरीकों को मुख्य रूप से तीन मुख्य श्रेणियों में बांटा जा सकता है: जैव सूचना विज्ञान; आणविक मॉडलिंग; और डे नोवो डिज़ाइन। विशेष रूप से डे नोवो प्रोटीन डिज़ाइन तेजी से विकास का अनुभव कर रहा है, जिसके परिणामस्वरूप अधिक मजबूत और विश्वसनीय भविष्यवाणियां हो रही हैं। क्षेत्र में एक हालिया प्रवृत्ति कई कम्प्यूटेशनल दृष्टिकोणों को एक इंटरैक्टिव तरीके से संयोजित करना और उन्हें संरचनात्मक विश्लेषण और निर्देशित विकास के साथ पूरक करना है। डिज़ाइन किए गए उत्प्रेरकों की विस्तृत जांच आणविक पहचान, जैव रासायनिक उत्प्रेरक और प्राकृतिक प्रोटीन विकास के संरचनात्मक आधार पर बहुमूल्य जानकारी प्रदान करती है।
एंजाइमों के इंसिलिको डिज़ाइन की संबंधित पत्रिकाएँ
जीनोमिक्स और प्रोटिओमिक्स जर्नल, सिंगल सेल बायोलॉजी जर्नल्स, जीनोमिक मेडिसिन जर्नल्स, जर्नल ऑफ टिश्यू साइंस एंड इंजीनियरिंग, जर्नल ऑफ केमिनफॉर्मेटिक्स, करंट सिंथेटिक एंड सिस्टम्स बायोलॉजी, क्लिनिकल एंड मेडिकल जीनोमिक्स, केमिकल बायोलॉजी एंड ड्रग डिजाइन, करंट कंप्यूटर-एडेड ड्रग डिजाइन, करंट फार्मास्युटिकल डिजाइन, इंटरनेशनल जर्नल ऑफ कम्प्यूटेशनल बायोलॉजी एंड ड्रग डिजाइन में डेटा माइनिंग।