प्रोबायोटिक्स के दुष्प्रभाव, यदि होते हैं, तो हल्के और पाचन संबंधी होते हैं (जैसे गैस या सूजन)। प्रोबायोटिक्स संक्रमण का कारण बन सकते हैं जिनका इलाज एंटीबायोटिक दवाओं से करने की आवश्यकता होती है, विशेष रूप से अंतर्निहित स्वास्थ्य स्थितियों वाले लोगों में।